A Secretaria de Planejamento, Orçamento e Modernização da Gestão (SEPLAG) é um órgão novo dentro da Prefeitura Municipal de Niterói. A SEPLAG nasceu da antiga Controladoria do Município, tendo em vista a necessidade de desenvolver uma Prefeitura com foco em planejamento e modernização da gestão, além de investir em novas funções e atributos, através de um código de ética e conduta para atender o controle das contas e gastos do Município. As três áreas da SEPLAG são distintas, entretanto trabalham de forma extremamente complementar.

A Subsecretaria de Planejamento e Orçamento é o órgão de coordenação e monitoramento de todo o Sistema Municipal de Planejamento Estratégico da Administração Pública Direta e Indireta, subsidiando diretamente o titular da SEPLAG  e o Prefeito na definição das diretrizes e ações que fundamentam os Planos e Programas de Metas da Gestão Governamental. Estas funções gerais atribuídas à Subsecretaria de Planejamento são desenvolvidas tomando como premissa a integração dos instrumentos de planejamento que partem do Plano Plurianual – o PPA, como exigência constitucional, e se entrelaçam com os projetos estruturadores, servindo de “fio condutor” e subsidiando ao longo dos anos, a concepção dos demais instrumentos de planejamento orçamentário.

A Subsecretaria de Modernização da Gestão implementa projetos que aumentam a eficiência do uso de recursos materiais e humanos da Prefeitura. Seus projetos apoiam o desenvolvimento das competências profissionais dos servidores, a implantação das melhores práticas na administração municipal, e a reformulação e institucionalização dos seus processos. Um dos focos da Modernização da Gestão é o dimensionamento da administração, bem como o desenho das competências necessárias ao desempenho das tarefas de cada órgão ou entidade. Todas as atividades de modernização da gestão têm a finalidade de aperfeiçoar os mecanismos de contato que promovem a interação entre o cidadão e o Município, e aumentam a qualidade dos serviços prestados à população.