A Subsecretaria de Planejamento (SSP) é responsável por coordenar e gerir a estratégia de planejamento integrado do Município, baseado em evidências e articulado em rede. Este setor é responsável pela elaboração, gestão e monitoramento dos principais instrumentos de planejamento da cidade como o Plano Plurianual, o anexo de Metas e Prioridades da LDO e o Plano de Metas Anual, com base no Plano Estratégico Niterói Que Queremos. É também responsabilidade do setor articular as ferramentas de curto, médio e longo prazos e definir a estratégia de planejamento do município. Fazem parte da SSP o Departamento de Integração dos Instrumentos de Planejamento Municipal (DIIPLAN) e o Departamento de Políticas Públicas e Inovação em Planejamento (DIP³).